有些食品會含有天然少量的反式脂肪酸[於脂肪中含量介於2-6]，例如乳製品、牛肉及羔羊肉。在精製植物油的過程中也會產生反式脂肪酸。反式脂肪酸在食物中的主要來源是植物油經過氫化程序所產生，所謂氫化是把氫分子加入植物油中，讓液態的脂肪轉為半固態的形式，可做成人造奶油[margarine]及酥油[shortening]，改進色澤及油脂之穩定性。